Herman Paardekooper groeide op in een muzikaal gezin waarin vooral kerkmuziek een belangrijke rol speelde. Hij studeerde Schoolmuziek met bijvak koordirectie aan het Koninklijk Conservatorium in Den Haag, bij o.a. Frans Moonen en Jan Boogaarts, en vervolgens Muziekwetenschap aan de Universiteit Utrecht.

Herman is sinds zijn 17de actief als dirigent van voornamelijk kerkkoren in verschillende plaatsen. Hij volgde meerdere malen de Nationale Kurt Thomas Dirigenten-cursus met docenten als Jos van Veldhoven, Ger Vos, Felix van den Hombergh en Jaap Hillen. Herman Paardekooper is sinds december 2003 dirigent van het Aalsmeers Christelijke Oratorium Vereniging. Met het koor gaf hij inmiddels een aantal succesvolle concerten, met uitvoeringen van Bachs Weihnachts-Oratorium (2004) en Mendelssohns oratorium Paulus (2006), en ‘thematische’ concerten met o.a. Engelse koormuziek en geestelijke motetten van Mozart.

Naast zijn dagelijkse werkzaamheden als algemeen secretaris/manager van de Verenigingen Vrienden en Entrée van het Concertgebouw en het Koninklijk Concertgebouworkest is hij ook dirigent van het Latijns Parochiekoor ‘Cantemus Dominum’ van de Augustinuskerk in Buitenveldert.